解读：
通知主要明确了以下八个方面的内容：
一、明确了房地产开发企业土地增值税的清算单位
《通知》规定：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
这一规定是根据《土地增值税暂行条例实施细则》第八条 “土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算”的规定，结合房地产开发企业围绕房地产开发项目进行开发销售的经营特点，对清算单位进一步明确，方便基层税务机关操作。其中 “国家有关部门审批的房地产开发项目”，一般应同时具备土地使用权证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证、商品房销（预）售许可证。关于对分期项目的理解，符合下列情形之一的，应视为分期项目： 1、同一开发项目内，房地产开发企业以分期销售形式开发并能够分别核算各期收入和扣除项目的； 2、同一开发项目内，房地产开发企业分期取得初始产权登记证明的。 对未经政府部门批准，企业自行分期开发的项目，或者政府各部门审批的项目不一致的，应当实地审核察看，结合企业财务核算、政府部门审批、备案的项目登记表，本着实质重于形式的原则分期确定清算单位。
《通知》再次重申，开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
二、进一步细化了土地增值税的清算条件
《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第三条第三款规定：对已竣工验收的房地产项目，凡转让的房地产的建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上的，税务机关可以要求纳税人按照转让房地产的收入与扣除项目金额配比的原则，对已转让的房地产进行土地增值税的清算。对房地产开发项目的土地增值税管理，一般采取先预征后清算的办法，房地产开发企业通过按预征率征收的税款与实际清算的应纳税款对比，当应纳税款大于预征税款时，纳税人往往采取拖延清算或故意不清算的方式占用税款。《通知》进一步明确规定了房地产开发项目应当清算的情形： 1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；3.直接转让土地使用权的。还明确规定了可以清算的情形：1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的； 2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；4.省税务机关规定的其他情况。以上规定是对财税[2006]21号文件规定的可清算条件进一步补充和细化，这一规定可以防止房地产企业在开发项目实质上已经具备清算条件的情况下，不办理清算来拖延缴纳土地增值税的行为。
三、明确了视同销售行为和自用房地产的计税处理规定
《通知》规定：房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产。
对视同销售行为要确认应税收入，确认收入的方法为：1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
对房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或出租等商业用途时，如果产权未发生转移，既不作应税收入，也不扣除相应的成本费用。
四、明确了扣除项目的五项规定
一是明确清算时对扣除项目须提供合法有效凭证，不能提供合法有效凭证的，不予扣除。房地产项目开发周期一般较长，企业由于种种原因或出于偷逃税款的目的，出现因资金周转困难而导致取得票据凭证不及时，甚至有取得假发票或真票假开的行为，这一规定对企业取得的扣除项目凭证管理提出了严格的要求，为此，企业必须加强对有效凭证的管理。
关于合法有效凭证，应把握以下几项原则：
（1）对方单位是经营性质企业，必须提供税务局监制的发票。
（2）对方单位是行政机关或政府行政管理机构，属于行政性收费的应提供行政事业性收据，属于服务性收费的应提供税务局监制的发票。
（3）对征地及拆迁补偿费用，要有证明该项费用发生的书面凭证（如合同、协议、收据等），应具备对方单位或个人签章的要件（如相应的收款专用发票、个人签章的收条、身份证复印件等）。
（4）支付给境外的，支付款项凭证必须是外汇付汇凭证、外方公司的签收单据或出具的公证证明。单位和个人从中国境外取得的与纳税有关的发票或者凭证，税务机关在纳税审查时有疑义的，可以要求其提供境外公证机构或者注册会计师的确认证明，经税务机关审核认可后，方可作为合法的记账核算凭证。
（5）其他符合相关税收政策的会计凭证。如企业支付的工资支出，应根据工资发放表（收款人签字确认或银行支付证明）结合劳动合同等进行确认。
二是规定可以核定“四项开发成本的单位面积金额标准”。在房地产项目开发过程中，部分房地产开发企业与施工单位联合造假，虚增开发成本；企业将管理费用混入开发间接费用，由于项目开发涉及的业务量多，资金往来频繁，税务机关核实难度较大。为此，《通知》规定：房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。按照《通知》规定，当税务机关结合当地定额标准认为对四项开发成本不实的，就可以按照规定进行核定，既解决虚列成本问题，又提高工作效率。
三是明确了特殊用途的配套设施征税规定。对于与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等特殊用途的公共设施，按产权、转让的性质进行界定： 1.对于建成后产权属于全体业主所有的，或无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除，不计征应税收入。2.对于建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。房地产开发企业开发的部分配套设施，如车库（位）、杂物间等，有的按照政策规定不能办理产权登记，如果转让不能办理产权登记的配套设施使用权且使用年限和房地产的使用年限相同，且使用者享有占有、使用、收益或处分的权利，其取得的收入应一并计房地产开发销售收入，并准予扣除合理计算分摊的相关成本、费用，按规定计算征收土地增值税。
四是明确了装修费用可以计入房地产开发成本。对房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
五是明确了
关于多个房地产项目共同的成本费用分摊规定，《土地增值税暂行条例实施细则》第九条规定：纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊。
五、规定了清算应报送的资料和清算期限
对于符合清算条件应进行清算的企业，在满足清算条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续；对于可以进行清算的企业须在主管税务机关限定的期限内办理清算手续。
六、明确了核定征收的五种情形
为进一步强化土地增值税清算管理，堵塞征管漏洞，防止纳税人采取不清算或故意拖延清算的行为，结合土地增值税的管理特点，《通知》规定：房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税：
（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；
（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；
（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
七、加强了对中介机构参与清算工作的管理
一是对符合要求的税务中介机构出具的鉴证报告，税务机关可以采信。二是税务机关要对从事土地增值税清算鉴证工作的税务中介机构在准入条件、工作程序、鉴证内容、法律责任等方面提出明确要求，并做好必要的指导和管理工作。
八、明确了要求清算的开发项目后续管理规定
《通知》规定：在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。