一、制定背景及目的
（一）为加强土地增值税清算管理，国家税务总局先后出台了《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号，以下简称187号文）、《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发〔2009〕91号，以下简称《清算规程》），其中187号文规定：“各省税务机关可依据本通知的规定并结合当地实际情况制定具体清算管理办法”《清算规程》第三十八条规定：“本规程自2009年6月1日起施行，各省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关可结合本地实际，对本规程进行进一步细化”，为此，我们结合安徽省实际情况，按照税务总局要求，制定了本办法。
（二）《国家税务总局<全国县级税务机关纳税服务规范》（税总发〔2014〕98号），对税务机关提高纳税服务质量、落实国家税务总局便民办税春风行动要求作出了具体规定，通过制定办法，简化了土地增值税清算时纳税人报送资料要求，优化了清算申报和清算审核流程。同时，在制定办法时，广泛听取了纳税人、基层地税机关以及社会各界的意见和建议，在分期项目、清算条件的确认等涉及纳税人利益的税务问题处理上，规定了具体的措施和流程，充分保障了纳税人的合法权益。
（三）土地增值税清算申报、清算审核工作时间跨度长，流程比较复杂，征纳双方互动频繁，通过制定办法，细化了清算申报、清算审核流程，进一步明确了征纳双方的职责，既规范了地税机关的税收执法，又促进了纳税遵从度的提高。
二、主要内容
（一）第一条，明确了本办法的制定依据。
（二）第二条，明确了本办法的适用范围。
（三）第三条、第四条、第五条，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条、《清算规程》第三条的规定，明确了土地增值税清算中纳税人应承担的责任：纳税人应当对清算申报的真实性、准确性和完整性负法律责任。
（四）第六条，依据187号文、《清算规程》、《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）等的规定，强调地税机关在清算中的职责是：进行项目管理、提供纳税服务、开展清算审核、加强清算后转让房地产管理和组织税款入库。
（五）第七条，结合《清算规程》第六条规定的地税机关项目管理内容，对纳税人报送资料作出具体规定。
（六）第八条，依据《国家税务总局关于修订土地增值税纳税申报表的通知》（税总函〔2016〕309号）第一条的规定，将纳税人土地增值税项目申报作为纳税申报的重要内容，要求纳税人按规定填报。
（七）第九条，依据《清算规程》第九条的规定，要求纳税人按照规定开展会计核算，合理归集有关收入、成本、费用。
（八）第十条、第十一条、第十二条、第十六条，187号文规定：“房地产开发项目是指国家有关部门审批的项目。对于分期开发的项目，以分期开发项目作为房地产开发项目进行清算”。该文对“国家有关部门”、“分期开发项目”等未做进一步解释，但明确“各省税务机关可依据本通知的规定并结合当地实际情况制定具体清算管理办法”。为此，我们结合安徽省实际情况通过上述4个条款对有关问题予以明确。
1.第十条，一是在“国家有关部门”的确认方面，参照《城市房地产开发经营管理条例》（中华人民共和国国务院令第248号）第十条、《国务院关于投资体制改革的决定》（国发[2004]第20号），确认国家有关部门是指发展改革部门。考虑到各市、县、区以及各开发区在机构设置上可能不一致，办法中所提到的发展改革部门包括各地发改委、履行项目备案职能的经信委、计经委等部门。二是在分期开发项目的确认方面，分期开发是纳税人根据自身经营发展情况自行确认将房地产开发项目分期分批开发、建设，在其开发过程中，纳税人根据《安徽省城乡规划条例》第三十条的规定：“在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当持使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料，向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证”，其申办的《建设工程规划许可证》既是房地产开发中不可缺少的许可证照，也是确认其分期开发项目的证明资料，2012年省地税局据此出台《安徽省地方税务局关于土地增值税有关问题的批复》（皖地税函〔2012〕583号），以《建设工程规划许可证》确认的项目作为土地增值税清算项目。但是考虑到部分地方规划部门在办理《建设工程规划许可证》时，一栋楼办理一个《建设工程规划许可证》，严格按照《建设工程规划许可证》确认分期项目与实际脱节，且增加了纳税人的税收负担和税务机关审核难度，经过大量走访、调研，根据房地产分期开发的共同特征，确定了“由主管地税机关依据《建设用地规划许可证》《建设工程规划许可证》以及相关《建筑施工许可证》《预售许可证》及预售资金回笼情况等，经调查核实、集体审议，综合认定分期开发项目”的处理办法。三是在对主管地税机关的认定时限作出规定。
2.第十一条，对应当确认为同一分期项目的情形进行了列举，其中第一款：“取得多个《建设工程规划许可证》，只取得一个《建筑工程施工许可证》的”，是指该多个《建设工程规划许可证》所确定的工程项目的地基和基础工程或主体结构工程由一个《建筑工程施工许可证》组织施工。第二款：“取得多个《建设工程规划许可证》，且由若干个《建筑工程施工许可证》确定组织施工，经主管地税机关调查核实该多个《建设工程规划许可证》所确定的项目未利用本分期项目回笼资金开工建造的”，是指该多个《建设工程规划许可证》所确定的工程项目的地基和基础工程、主体结构工程由多个《建筑工程施工许可证》组织施工，但在该多个《建筑工程施工许可证》确认的施工项目开工时，前述多个《建设工程规划许可证》所确定的工程项目尚未预售。
3.第十二条，对分期项目的日常管理和变更作出规定。
4.第十六条，重点强调对纳税人权益的保护。
（九）第十三条、第十四条、第十五条，依据《清算规程》的规定，细化房地产项目管理的具体要求，要求主管地税机关加强项目管理，保持管理连续性，积极关注纳税人会计核算、督促纳税人按照要求合理归集有关收入、成本、费用。
（十）第十七条、第十八条，依据《清算规程》第九条、第十条的规定，明确应当进行土地增值税清算的四种情形以及可以清算的两种情形。此外，对纳税人分期开发房地产的，条款中的“房地产开发项目”均指“分期开发项目”。
（十一）第十九条，187号文、《清算规程》都提到了“竣工”的概念，但未具体明确，本办法参照《国家税务总局关于印发<房地产开发经营业务企业所得税处理办法>的通知》（国税发〔2009〕31号）第三条的规定，确认了竣工的概念。
（十二）第二十条，依据《清算规程》第十一条的规定，明确了纳税人的清算申报期限。
（十三）第二十一条，细化可清算项目的管理，要求主管地税机关通过集体研究的方式确定是否清算。同时考虑到土地增值税清算是涉及纳税人重大利益的税收管理事项，为且保障纳税人合法权益，对主管地税机关下发的通知清算的《税务事项通知书》有异议的，纳税人可申请主管地税机关复核。
（十四）第二十二条，依据《清算规程》第三条、《国家税务总局税款缴库退库工作规程》（国家税务总局令第31号）的规定，明确清算税款退抵税流程。
（十五）第二十三条、第二十四条，依据《中华人民共和国税收征收管理法》第二十七条、第六十二条的规定，明确纳税人清算申报时申请延期申报、未按规定期限办理清算申报的处理。
（十六）第二十五条，依据《清算规程》第三十八条，明确清算收入和扣除项目金额的归集的截止时间。清算申报时，为确定应缴土地增值税税额，减少争议，必须确定一个时点，作为清算收入和扣除项目金额归集的截止时间。本办法将申报日作为截止时点，充分考虑了纳税人在清算可清算项目时，因各种原因未能取得支出的合法凭据的因素。纳税人在规定的期限内申报的，清算申报的当日为确认清算收入和归集扣除项目金额的截止时间。纳税人在申报期内更正申报的，以更正申报的当日为确认清算收入和归集扣除项目金额的截止时间。纳税人在规定期限内办理清算申报确有困难需要延期，经主管地税机关核准的，在核准的期限内办理清算申报的当日为确认清算收入和归集扣除项目金额的截止时间。
需要注意的是，对于可清算项目来说，清算收入和扣除项目金额的归集是有差异的，就清算收入的归集来说是指纳税人截止清算申报日已实现销售的房地产的全部销售收入（含视同销售收入），不包括未售部分的收入；就扣除项目金额的归集来说，是指纳税人截止清算申报日整个项目的扣除项目金额，含未售部分的扣除项目金额。纳税人按上述要求归集有关清算收入和扣除项目金额后，再按规定采用合理的方法将扣除项目金额在已售和未售部分中进行分配，并据以计算已售部分应缴纳的土地增值税，同时对于未售部分，转为尾盘销售处理。
（十七）第二十六条，依据187号文第六条、《国家税务总局关于发布<涉税专业服务监管办法(试行)>的公告》（国家税务总局公告2017年第13号）第五条的规定，明确纳税人委托涉税专业服务机构对房地产开发项目清算进行涉税鉴证的原则，以及对涉税专业服务机构开展涉税鉴证相关要求。
（十八）第二十七条，依据《全国税务机关纳税服务规范》（2.3版），明确纳税人清算申报的资料要求，同时为减轻纳税人负担，规定：主管地税机关已经取得的，不再要求纳税人报送。
（十九）第二十八条，依据《清算规程》第十三条、《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条的规定，对纳税人清算申报时地税机关受理申报、纳税人补正资料以及特殊情况有关事项的处理作出明确规定。
（二十）第二十九条，依据《清算规程》第十五条的规定，对主管地税机关清算审核期限予以确认。同时考虑到实践中延期审核情况较多，参考《税务稽查工作规程》，对延期审核作出规定。
（二十一）第三十条，依据《清算规程》第十六条的规定，对主管地税机关清算审核的形式与重点予以明确。
（二十二）第三十一条，依据《清算规程》第三十二条、第三十八条以及《税务行政复议规则》第十四条的规定，对主管地税机关如何开展清算审核提出具体要求，细化清算审核的流程，同时为保障纳税人合法权益，明确纳税人对主管地税机关出具的《土地增值税清算审核表》以及具体的调整事项和理由有异议的，可以申请主管地税机关复核。
（二十三）第三十二条，依据《国家税务总局关于发布﹤涉税专业服务监管办法(试行)﹥的公告》（2017年第13号）、《安徽省地方税务系统购买涉税评估鉴证服务操作规范（暂行）》（皖地税发〔2015〕100号）、《安徽省地方税务局关于进一步做好购买涉税专业服务工作的通知》（皖地税函〔2017〕202号）等，对主管地税机关通过购买涉税评估鉴证服务开展清算审核的实施方法提出了具体要求。
（二十四）第三十三条，依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第九条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十四条以及《清算规程》第十八条、第十九条的规定，明确了清算审核时主管地税机关审核房地产转让收入重点、视同销售收入确认方法和顺序及售价偏低无正当理由的处理，并对售价偏低但属于正当理由的情形作出一定界定。
（二十五）第三十四条，依据《清算规程》第二十条的规定，明确土地增值税清算扣除项目的内容。
（二十六）第三十五条，明确土地增值税清算扣除项目必须同时符合的七项原则性要求。其中，第一款规定是对纳税人扣除项目提出了合法性要求，第二、第三、第四、第五、第六款规定依据《清算规程》第二十一条第二、第三、第四、第五、第六款规定制定，第七款规定依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条第一、第二、第三款规定制定。在执行本条第七款规定时，对质量保证金应按照《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第二条的规定执行。
（二十七）第三十六条，依据《清算规程》第二十一条第一款规定制定本条，并对合法有效凭证作了具体解释。其中，本条第一款规定依据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条制定，第二、第三款规定参考了原《营业税暂行条例实施细则》第十九条的规定，第四款规定依据《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第14号）第八条的规定制定。
（二十八）第三十七条，依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第五条、第七条第一款规定制定。在土地出让、转让中，土地的出让、转让方，依照合同将土地出让或转让给受让方，并依照合同从受让方取得转让房地产的全部价款及有关的经济收益；土地的受让方，依照合同受让土地，并将各种形式经济利益按照合同的要求支付给出让方或转让方。因此土地的出让、转让和受让以及相关经济利益的流入、流出均应从尊重合同当事人真实意思表达。基于这一基本原则，本条明确“依据有关土地转让、出让合同、协议及其补充协议，政府或有关单位、部门以扶持、奖励、补助、改制或其他形式返还、支付、拨付给纳税人或其控股方、关联方的金额应从取得土地使用权所支付的金额中剔除”。
（二十九）第三十八条，依据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第六条规定制定本条，对拆迁补偿费予以明确。
（三十）第三十九条，依据187号文第四条第三款规定制定本条，并依据《安徽省物业管理条例》和我省实际情况对“建成后产权属于全体业主”的情形制定了具体的判断标准。
（三十一）第四十条，依据《关于若干税收政策问题的公告》（安徽省地方税务局公告2012年第2号）第十条制定。由于营改增的变化，对销售收入包括销售家用电器、家具等取得的收入，在计算房地产销售收入时：对于征收营业税的收入或者适用简易计税方式征收增值税的收入，以总的销售收入扣减购置家用电器、家具等的含税价作为房地产销售收入。对于适用一般计税方法征收增值税的收入，以不含税的总销售收入扣减家用电器、家具等购置价（不含进项税）作为房地产销售收入；如购置家用电器、家具等的进项税未在销项税额中计算抵扣，则以不含税的总销售收入扣减家用电器、家具等含税价作为房地产销售收入。
（三十二）第四十一条，执行本条时，需要注意：在房地产开发项目以外单独建造样板房、售楼部的，或者在房地产开发项目内建造临时建筑作为样板房、售楼部之后又拆除的，其建造成本费用均属于销售费用，依据《清算规程》）第二十一条第三款规定，不得计入开发成本。对房地产开发项目内的建筑装修后作为样板房、售楼部的，在销售前拆除了装修，其装修费用同样属于销售费用，不得计入开发成本。
（三十三）第四十二条，依据《财政部 国家税务总局关于营改增后契税房产税土地增值税个人所得税计税依据问题的通知》（财税〔2016〕43号）第三条第二款制定本条，对扣除项目涉及的增值税进项税额予以明确。
（三十四）第四十三条，依据《关于若干税收政策问题的公告》（安徽省地方税务局公告2012年第2号）第九条的规定制定，对政府或有关部门直接向房地产开发企业的收费如何处理予以明确。
（三十五条）第四十四条，本条款集合了《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第三条、《清算规程》第二十一条、第二十七的规定，对财务费用中的利息支出的处理方法予以明确。
（三十六）第四十五条，本条款集合了《税收征管法》第三十六条、《清算规程》第二十九条的规定，明确关联交易的处理。
（三十七）第四十六条，本条款依据《清算规程》第三十四条、《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）的规定，对核定征收事项予以明确。
（三十八）第四十七条，本条款依据国家税务总局《税务稽查案源管理办法（试行）》（税总发〔2016〕71号）、《国家税务总局关于加强土地增值税征管工作的通知》（国税发〔2010〕53号）第三条规定，明确了主管地税机关在清算审核时，发现纳税人涉嫌偷税、逃避追缴欠税、抗税或者其他需要立案查处的税收违法行为的应移送稽查处理，同时考虑到为节约国家税收管理资源，对移送稽查的案件，主管地税机关终止清算审核，并于移交稽查部门处理的当日书面告知纳税人。
（三十九）第四十八条，依据187号文第八条制定本条款，并对尾盘销售土地增值税申报期限进行了明确。
（四十）第四十九条。对于以自用、出租等形式使用超过1年的房地产，不论企业财务上如何处理，不论是在清算前销售还是属于尾盘销售，在转让时均应依据《安徽省地方税务局关于明确房产税土地增值税等税种若干政策问题的通知》（皖地税政三字〔1997〕277号）第七条的规定，按销售旧房处理。
（四十一）第五十条 ，依据办法第四条、《税收征管法实施细则》第七十五条的规定，对地税机关通过清算审核检查补缴的税款，自本办法第二十条规定的申报期届满之次日起加收滞纳金。同时，考虑到主管税务机关有延期审核的情形，对主管税务机关延期审核的，延期审核期间不加收滞纳金。
（四十二）第五十一条，考虑到实践中，应支付但未实际支付的款项清算后实际支付的、应取得但未取得合法有效凭证的清算后又取得的、清算时尚未完工的公共配套设施清算后确实建造的等情形客观上的确存在，而这些事项清算时未能计入扣除项目，导致纳税人多缴税款，为维护纳税人合法权益，依据《税收征管法》第五十一条制定本条款。
（四十三）第五十二条，本条款集合了《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕048号）第十三条、《安徽省地税局关于土地增值税有关问题的批复》（皖地税函〔2012〕583号）第一条的规定，对纳税人普通标准住宅是否应分开计算增值额、增值率专门作出规定。
（四十四）第五十三条，明确规定对纳税人违法行为按照《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的具体规定进行处理。
（四十五）第五十四条 对未尽事项作出规定。
（四十六）第五十五条，明确了办法的施行时间；明确了与办法内容相抵触的《安徽省地方税务局关于土地增值税有关问题的批复》（皖地税函〔2012〕583号）第二条同时废止；对尚未清算的项目如何适用本办法做出了具体规定。